中心实行校院两级管理，校资产管理处从学校层面行使领导、管理、指导和经费调配的职能。学校财务处、资产管理处、审计处负责监督管理实验中心的经费和设备。实验教学归教务处及二级学院管理。

中心有相对独立的管理体制，实行资源共享，主任负责制。中心教学资源统筹调配，包括人员、设备、场地，做到实验教学资源最大程度的共享。为提高教学资源的利用效率，中心主要采取了以下措施：

（1）通用型仪器仪表，根据实验计划安排，实行统一调配的多元化配置，确保实验的开出率和设备利用率。

　（2）实验技术人员不局限于某个功能实验室，中心统一调配其服务范围，做到最大限度地确保实验项目的正常开出。

　（3）实验教学内容相近的课程，经教师间协商，调整或整合实验项目，避免重复实验，浪费时间和资源。

（4）实验仪器设备的购置需要进行协商论证，以期覆盖最多的实验项目，提高仪器设备的利用率。